De termen diaconie en diaconaat zijn nauw met elkaar verbonden. Het diaconaat omvat het diaconale werk (het 'maatschappelijk werk' van de kerk), terwijl de diaconie de instantie binnen de kerk is die bij uitstek - maar niet uitsluitend - verantwoordelijk is voor het diaconale werk.
De diaconie is in de Nederlandse protestantse kerken de rechtspersoon die wordt bestuurd door het college van diakenen in een plaatselijke kerkelijke gemeente. De diaconie verschaft de diakenen de middelen om hun ambt uit te oefenen, b.v. door behoeftigen financieel te ondersteunen. Het beheer van de diaconie is strikt gescheiden van het beheer van de kerk, het betreft twee verschillende rechtspersonen. De inkomsten van diaconieën bestaan doorgaans o.a. uit collectes tijdens de kerkdienst bestemd voor de diaconie. In het verleden richtte ze armenhuizen in voor mensen die buiten hun schuld dakloos waren. Ze speelde ook een rol bij het oprichten van protestantse ziekenhuizen. Tegenwoordig doen de meeste diaconieën regelmatig giften aan hulpverleningsorganisaties.